Die Medizinische Fakultät gehört zu den Gründungsfakultäten der Universität. Der erste Fachvertreter in der Anatomie war Friedrich Hoffmann. Er lehrte von 1694 bis 1718. Zu den bekanntesten halleschen Anatomen gehören Philipp Friedrich Theodor Meckel (1755 - 1803), Justus Christian Loder (1753 - 1832), Johann Friedrich Meckel d.J. (1781 - 1833), Alfred Wilhelm Volkmann (1801 - 1877), Hermann Welcker (1822 - 1897), Wilhelm Roux (1850 - 1924) und Joachim-Hermann Scharf (* 1921). Seit 1880 hat das Institut seinen heutigen Standort in der Großen Steinstraße. Zuvor stand das von G. D. Coschwitz erbaute Theatrum anatomicum in der Stadt gegenüber der Moritzburg. Von 1789 bis 1880 waren Institut und Sammlung in der Residenz untergebracht.

1993 wurde die Institutsbezeichnung um "Zellbiologie" erweitert. Neben den Lehrsälen (Historischer Hörsaal, Mikroskopier- und Präpariersaal, Bibliothek) und Forschungsräumen beherbergt das Institut die Meckelschen Sammlungen, deren Ursprünge bis in das 18. Jahrhundert reichen und die 1836 in den Besitz der Universität übergingen. Sie umfaßt heute ca. 7000 Exponate, wie präparierte Körperteile, Organe, Skelette, Schädel und Knochen von Mensch und Tier, normale und mißgebildete Föten und Modelle für den Anatomieunterricht. Ein großer Teil der Präprarate stammt aus der Nach-Meckel-Zeit, d.h. aus der zweiten Hälfte des 19. und aus dem 20. Jahrhundert. Die Sammlung gliedert sich in einen anatomisch-humanmedizinischen Teil und in einen vergleichend-anatomischen (zootomischen) Teil. Die ältesten Präparate sind weit über 200 Jahre alt, z.B. ein kompletter Situs inversus aus der Zeit Johann Friedrich Meckel d. Ä., und stammen z.T. schon aus der Wittenberger Anatomie.